Pada pilihanraya Malaysia 1999, Fong telah memenangi kerusi parlimen Batu Gajah, dan ini menjadikannya Ahli Parlimen (MP) termuda di Malaysia ketika itu.[petikan diperlukan] Beliau memenangi 19,867 dari 38,774 undian keseluruhan, dan mendapat majoriti 2,071 dengan 67.5% peratus pengundian.

Selepas pilihanraya umum ke-12 pada Mac 2008, Fong Po Kuan berjaya mempertahankan kerusi Parlimennya dengan majoriti yang lebih besar dari sebelumnya.